ミッションリスト (地球連合軍 後編)
・おすすめ分岐
ミッション2攻略後、Aルート (パトロクロスが生産可能に、後々ゲイルロズ制圧で役立つ)
ミッション9攻略後、天王星ルート (ネクロゾウルはパワード・サイレンスがあれば楽。海王星は水中での威力減衰が厄介)
ミッション17攻略後、共闘ルート (火星ルートは敵勢力がかなり多い)
| 番号 | ミッション名 | 敵陣営 | トレジャー | 他解禁事項 |
| 1 | 跳躍空間での戦い | 太陽系開放同盟軍 | No.42 エーテリウムの塊 No.43 特別遠征艦隊司令官(クリア後) | デザイン「次元跳躍メモ」 |
| 2 | 跳躍空間を彷徨う緑の恐怖 | バイド軍 | No.44 軌道戦闘機の設計思想 | ギャラリー「No.32 跳躍空間を彷徨う地獄！」 |
| 3 | 逆流空間ルートA | 太陽系開放同盟軍 | No.45 人型兵器可変システム | - |
| 4 | 逆流空間ルートB | 太陽系開放同盟軍 | No.46 人型兵器用波動砲 | - |
| 5 | 跳躍空間での決戦 | バイド軍 | No.47 敵艦隊の位置データ No.48 跳躍空間の果て(クリア後) | フォース「FC：ニジ」 ギャラリー「No.44 究極のウェーブキャノンスナイパー」 |
| 6 | 帰路：逆流空間 | バイド軍 | No.49 地球からの情報 | - |
| 7 | ワープアウト | バイド軍 | No.50 意志伝達式制御ビット | ギャラリー「No.59 グランゼーラの副官たち」 フォース「FC：ナギ」 |
| 8 | 太陽系外縁部 | バイド軍 | No.51 旋回性能向上システム | - |
| 9 | 帰路：カイパーベルト | 太陽系開放同盟軍 | No.52 攻撃型潜水艇の仕様書 | ギャラリー「No.46 解き放たれた静寂」 |
| 10 | 生態内壁：強酸性の消化液 | バイド軍 | No.53 バイドに関する資料A | - |
| 11 | 生態洞：悪魔を育む甘い水 | バイド軍 | No.54 バイドに関する資料B | ギャラリー「No.50 生態洞」 |
| 12 | 要塞ゲイルロズ開放作戦 | 太陽系開放同盟軍 | No.55 大砲の試験データ | ギャラリー「No.43 駆け抜ける紅蓮」 |
| 13 | 暴走兵器工房 | バイド軍 | No.56 電撃誘導リーダ | - |
| 14 | 地球上空、バイド迎撃作戦 | バイド軍 | No.57 鉤爪式制御ロッド | ギャラリー「No.55 ボルドの系譜」 |
| 15 | 沈む夕陽 | バイド軍 | No.58 沈む夕陽 No.59 アップグレード2 | 部隊「トロロープ隊」 ギャラリー「No.57 霧をまとった冷徹な淑女」 |
| 16 | バイド追撃！地球上空を飛ぶ | バイド軍 | No.60 攻撃性デコイの研究 | - |
| 17 | 月面：決着の時 | 太陽系開放同盟軍 | No.61 波動砲分散理論 | ギャラリー「No.45 伝説の爆撃機」 |
| 18 | メインベルトでの共同作戦 | バイド軍 | No.62 共同作戦への合意 | - |
| 19 | バイド追撃！火星上空を行く | バイド軍 | No.63 火星の空 | - |
| 20 | 重金属回廊 | バイド軍 | No.64 バイドの座標データ | フォース「FC:カゼ」 |
| 21 | バイドと同化していく宇宙 | バイド軍 | No.65 Fリミッターキャンセラー | フォース「FC:ユメ」 ギャラリー「No.54 コンバイラの系譜」 |
| 22 | 琥珀色の風、この美しき宇宙 | バイド軍 | No.66 琥珀色の宇宙 No.67 バイドを討った証 (クリア後) | ギャラリー「No.63 黄昏の刻」 ムービー「R-TYPE TACTICS 2 エンディング」 |